Остроконечные кондиломы диагностируются довольно просто, поскольку их можно хорошо увидеть обычным способом. Плоские же кондиломы диагностируются сложнее. Поэтому при поражении кондиломами области ануса и половых органов осуществляется тщательное обследование шейки матки и прилегающей к ней области с применением дополнительных методов. В частности проводят дифференцирование кондилом от других
новообразований на шейке матки, берут на анализ мазки из мочеиспускательного канала и шейки матки. Осуществляют ПЦР-диагностику в целях определения типа вируса и его количественного состава, исследуются клетки ткани кондиломы на предмет раковых клеток, определяют титр антител к вирусу папилломы человека. Помимо этого пациента проходит обследование на наличие ВИЧ и других заболеваний, передающихся через половой контакт (ЗППП).